Pieter Dirksen geeft recitals op clavecimbel en orgel en speelt continuo in diverse ensembles. Hij studeerde muziekwetenschap en publiceerde een groot aantal artikelen en edities op het gebied van de barokke muziek. Hij promoveerde in 1996 cum laude op een proefschrift over de klaviermuziek van Jan Pieterszoon Sweelinck. De handelsuitgave van deze studie verscheen in 1997 en werd onderscheiden met een Praemium Erasmianum. Daarnaast zijn vooral zijn talrijke studies betreffende de muziek van Johann Sebastian Bach bekend geworden. Hij werkt op dit moment mee aan de nieuwe uitgave van Bachs complete orgelmuziek bij Breitkopf & Härtel, maakt een editie (reconstructie) van Bachs Cantate 188 voor de Stuttgarter Bach-Ausgaben en is redactielid van het befaamde Bach-Jahrbuch. Bachs muziek staat al sinds zijn jeugd in het centrum van zijn muzikale universum, maar daarnaast heeft hij zich ook altijd sterk aangetrokken gevoeld tot de rijkdommen van de zeventiende eeuw: de Engelse virginalisten, Sweelinck, de Noordduitse school, Froberger, het mediterrane repertoire, de Franse ‘klassieke’ traditie …
Pieter Dirksen is lid van Combattimento (voorheen Combattimento Consort Amsterdam) en het kamermuziekensemble La Suave Melodia. Als continuospeler speelt hij regelmatig met andere orkesten en ensembles en bij Opera Zuid. Daarnaast is hij een veelgevraagde solist op clavecimbel en op historische orgels in binnen- en buitenland, en realiseerde hij talrijke opnames. Zijn solo-cd’s werden in Luister steeds met een 9 of een 10 beoordeeld; Edison-winnaar 2002. Sinds 2007 verschijnen zijn cd’s bij het label Etcetera; tot nog toe verschenen opnamen met muziek van Schenck, Scheidemann, Louis Couperin, Böhm, Vivaldi en Bach (Kunst der Fuge, Sonates met viola da gamba, Goldbergvariaties en Canonische Variaties). Pieter Dirksen is titulair organist van het historische orgel van Andries Severijn (ca.1650) in de Martinuskerk te Cuijk.